Per il Club alpino il piano "Non è sostenibile dal punto di vista ambientale ed economico. Occorre rivedere l’impostazione generale". Diverse proposte per un utilizzo ecosostenibile dell’isola.
Anche la Comunità europea ha avviato un’indagine.
Il Cai gruppo regionale ligure, la sezione La Spezia, l'Organo tecnico Tutela ambiente montano Liguria – Piemonte - Valle D'Aosta del Club Alpino Italiano esprimono notevoli perplessità sul Masterplan dell'Isola Palmaria, volto ad aprire ai turisti il tesoro ambientale davanti a Portovenere. L'isola, in base ad un accordo fra Comune di Portovenere, Regione, ministeri della Difesa e dei Beni culturali verrà destinato ad una sorta di "albergo diffuso" con tanto di strade e cremagliera.
L'obiezione più forte riguarda la sostenibilità ambientale del Masterplan. Secondo il Cai essa non rientra fra gli obiettivi del piano soprattutto per quanto riguarda l'ambiente marino e la conservazione di alcuni habitat che potrebbero venir compromessi dalla "riqualificazione agricola" dell'isola.
In proposito anche la Comunità europea, sollecitata da diversi gruppi ambientalisti, ha avviato un’indagine.
Inoltre – affermano gli organismi del Club alpino italiano - questo progetto è in palese "conflitto con gli attuali strumenti urbanistici" che classificano l'isola "territorio rurale seminaturale boschivo e area di presidio ambientale" e subordinatamente di produzione agricola. Notevoli inoltre i dubbi sulle possibilità economiche di realizzare l’intevento senza stravolgere e caratteristiche uniche del sito. Infatti il Masterplan non ha finanziamenti ben definiti se non quelli derivati da alienazioni future, mentre il Comune si assume l’onere di ristrutturare gli edifici che restano alla Marina Militare, nonché dei relativi servizi idrici ed energetici. Un costo che ben difficilmente può essere sostenuto senza ricorrere a capitali privati che ovviamente non potrebbero rinunciare al proprio profitto.
Il Cai avanza alcune proposte concrete: la valutazione preliminare del numero massimo di presenze, la fruizione prevalentemente pedonale e garantita dal mantenimento della sentieristica, no alla cremagliera. una particolare attenzione agli aspetti ecologici rivedendo l'impostazione generale, prevedendo un presidio universitario, visite guidate, scuole ambientali, biglietto di accesso all'isola ed un coinvogimento delle associazioni ambientalische ed escursionistiche presenti nella zona con funzioni di consulenza e monitoraggio. Infine il Cai ritiene che si debba procedere con la procedura ordinaria della Valutazione Ambientale Strategica.